Il est très important de procéder comme ci-dessous pour avoir un serveur mysql
fonctionnel.
Installer le serveur mysql en procédant comme ceci

/etc/rc.d/init.d/mysql start
/etc/rc.d/init.d/mysql stop

On commence par installer les tables necessaire au bon fonctionnement de mysql.

mysql_install_db --user=mysql 

On change les attributs des dossiers

chgrp -v mysql /srv/mysql{,/test,/mysql}

Pour pouvoir configurer le serveur il faut le lancer de cette façon:

install -v -m755 -o mysql -g mysql -d /var/run/mysql
mysqld_safe --user=mysql 2>&1 >/dev/null &

Noter que le & est très important pour avoir la main en console

On spécifie maintenant un mot de passe pour le root 

mysqladmin -u root password <nouveau-mot-de-passe>

La configuration du serveur est terminée. On peut maintenant l'arrêter.

mysqladmin -p shutdown

Le mot de passe sera demandé.

Lancer le serveur de façon définitive

/etc/rc.d/init.d/mysql start

Aucune erreur ne doit apparaître.

Au prochain lancement de la machine, mysql se lancera correctement.

pour plus d'info: http://www.nutyx.org